Berdirinya Madrasah Aliyah Muhammadiyah Metro pada mulanya tidak lepas dari adanya Pendidikan Guru Agama (PGA) selama 6 (enam) tahun yang telah ada jauh sebelum tahun 1982. Madrasah Aliyah Muhammadiyah Metro pada dasarnya merupakan lembaga Pendidikan Islam alih fungsi dari Pendidikan Guru Agama Islam (PGA) 6 tahun yang kemudian resmi berdiri sejak 1 Juli 1982 dengan pengesahan dari Departemen Agama Provinsi Lampung No. 15/MA/84 tanggal 25 April 1984. Proses pengalih fungsian dari PGA 6 Tahun menjadi lembaga pendidikan islam dalam hal ini Madrasah Aliyah, telah dipertegas kembali dengan diterbitkannya Keputusan Departemen Agama RI No. 64 tahun 1990 tanggal 25 April 1990 dan No. 42 tahun 1992 tanggal 27 Januari 1992 tentang alih fungsi Pendidikan Guru Agama Islam menjadi Madrasah Aliyah.
Madrasah Aliyah Muhammadiyah sejak awal berdirinya terus berkomitmen menyelenggarakan Pendidikan dan Pembelajaran berbasis nilai-nilai islam dengan tetap mengacu pada system pendidikan nasional yang ada pada saat itu. Seiring berjalannya waktu dan berubahnya zaman, Madrasah Aliyah harus pula mengikuti tuntutan dan perkembangan zaman, maka status Madrasah Aliyah harus pula di setarakan dengan madrasah di bawah naungan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Maka dengan dikeluarkannya UU RI No. 2 Tahun 1999 tentang System Pendidikan Nasional dan PP No. 28 Tahun 1998 tentang Pendidikan Nasional, serta berdasarkan Keputusan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI No.0498/V/1992 tentang madrasah umum dalam pasal 1 ayat 6 disebutkan bahwa Madrsah Aliyah adalah sama dengan SMU yang berciri khas agama Islam yang diselenggarakan oleh Departemen Agama.
Sebagai lembaga pendidikan islam setingkat SMA, maka Madrasah Aliyah sudah barang tentu punya andil dan hak yang sama dalam meningkatkan mutu dan layanan pendidikan berbasis nilai-nilai islam yang sudah pasti lulusannya diakui oleh Negara. Disamping itu Pendidikan Islam memiliki peran penting dalam membangun generasi bangsa yang berbudi, sopan santun dan berkarakter akhlak mulia. Maka Madrasah Aliyah Muhamamdiyah Metro tetap berkomitmen membekali calon lulusannya cakap dalam segala keilmuannya, cerdas dalam segi Intelektual, Spritual, dan santun dalam budi Pekerti.
Sejak awal berdirinya MA Muhammadiyah Metro, Pondok Darul Arqom adalah bagian dari MA Muhammadiyah Metro, sehingga siswa MA Muhammadiyah Metro adalah santri di pondok Darul Arqom. Dengan demikian lulusan MA Muhammadiyah Metro adalah lulusan Pondok Darul Arqom. MA Muhammadiyah Metro dan Pondok Darul Arqom telah melahirkan lulusan-lulusan yang mampu mengabdi dan mengembangkan keilmuannya di masyarakat sesuai dengan bidangnya. Ada yang menjadi kader Dakwah, kader umat dan bangsa serta kader persyarikatan.
Seiring berjalannnya waktu, khususnya akhir tahun pelajaran 2004/2005 Pondok Darul Arqom sempat mengalami kefakuman bahkan sempat dikatakan tinggal nama. Santri yang tersisa saat itu tinggal satu orang, setelah itu sudah tidak ada lagi. Baru kemudian pada tahun 2008 Madrasah Aliyah Muhammadiyah Metro yang pada saat itu di nahkodai oleh bapak Hi Sugeng Siswoyo, M.Pd sebagai kepala Madrasah, mencoba mengangkat kembali peran Pondok Darul Arqom dalam memperkuat MA Muhammadiyah Metro khususnya dalam bidang Pendidikan Agama Islam dan kemudian pada tahun 2011 upaya menghidupkan kembali Pondok Darul Arqom dilanjutkan kembali oleh Bapak Mustoto, M.Pd.I yang saat itu sebagai mudir sekaligus Kepala MA Muhammadiyah Metro.
Jerih payah menghidupkan kembali Pondok Darul Arqom, sedikit demi sedikit membuahkan hasil. Al-hasil pada periode awal bapak Hi. Sugeng Siswoyo, M.Pd. Madrasah Aliyah Muhammadiyah Metro menerima siswa baru dan santri baru khusus putra di Ponpes Darul Arqom yang saat itu masih dititipkan di Ma’had Aly. Baru kemudian pada tahun kedua kepemimpinan bapak Hi. Sugeng Siswoyo, M.Pd. Asrama Putra Ponpes Darul Arqom di pindahkan di bangunan lama Asrama Putri Ponpes Imadul Bilad jalan Imam Bonjol 22 Hadimulyo Metro dengan status dipinjamkan oleh UM Metro yang saat itu menjadi pemilik baru. Pada periode kepemimpinan bapak Mustoto, M.Pd.I saat itu sebagai mudir dan kepala MA Muhammadiyah Metro, Ponpes Darul Arqom mengembangkan sayapnya dengan mendirikan asrama putri Ponpes Darul Arqom yang berlokasi di jalan Raden Imba Kusuma Imopuro Metro dengan status menyewa selama kurang lebih 4 tahun. Dan alhamdulillah pada periode kepemimpinan bapak Ahmad Kholil, S.H.I Pondok Pesantren Darul Arqom Putra dan Putri sudah memiliki bangunan sendiri. Pondok putra berlokasi di Jl. Mr. Gele Harun, Gang Setia, 15 Kauman Metro Pusat, yaitu hibah dari SMP Muhammadiyah 2 Metro. Dan pondok putri berlokasi di Jln. Diponegoro, Imopuro, Metro Pusat, yang merupakan hibah rumah dari keluarga Hj. Zainab Kasim.
Dan al-hamdulillah hadirnya Ponpes Darul Arqom menjadi ciri khas tersendiri bagi MA Muhammadiyah Metro yang kemudian menjadi daya tarik para orang tua/wali murid untuk menyekolahkan putra/i-nya di MA Muhammadiyah Metro sekaligus di pondokan. Dengan harapan tentunya ada keseimbangan antara pengetahuan umum dan pengetahuan agama berbasis pondok. Dan terbukti sejak hadirnya kembali ponpes Darul Arqom, siswa MA Muhammadiyah Metro sedikit demi sedikit terangkat lagi. Dan bahkan sejak TA 2015/2016 hingga saat ini siswa baru MA Muhammadiyah Metro sebagian besar adalah santri Ponpes Darul Arqom. Dengan kata lain, Madrasah Aliyah Muhammadiyah Metro telah terintegrasi dengan Pondok Darul Arqom Muhammadiyah Metro yang menekankan pada kemampuan di bidang tahfidz, bahasa Arab, baca kitab gundul dan menjadi kader umat.
